第二部分共計一百艘，由童子豪率領，石元為副。負責尋找時機，殲滅西班牙艦隊主力。蕭明乾自知對海戰並沒有什麼天賦，而且這些年來，他也沒有在第一線率領過海軍作戰，所以他將作戰的主動權，完全交給了童子豪和石元，給他們的任務只有一個，在確保自己損失不大的情況之下，消滅西班牙艦隊的主力。並且在此基礎之上徹底封鎖馬尼拉。
為了確保「衣冠南渡」計劃的成功，蕭明乾將聯合護衛軍海軍的大部分戰艦都給派了出去。這些戰艦，被臨時分成了三個部分。
「督軍大人，南洋離我台灣距離並不遙遠，海路極其方便。所以，我們只要在組建一支第三艦隊，賦予其軍事專斷權，那麼就足以應付南洋所要面對的軍事問題。但是第三艦隊的軍事主官沒有任何的行政和財政權，不允許干涉我台灣派駐到各地的行政官員的行政和財政權，軍人嚴禁干政。第三艦隊的所m.hetubook.com.com有給養所需，均需通過台灣撥付。另外那麼我們可在南洋實行現在台灣所實行的市縣鄉三極地方行政體系，只要漢人人口足夠多，那麼當地土著便不可能有那個實力顛覆我們在南洋的統治，即使有西洋勢力參与其中，也不可能。而且如此一來，時間一久，南洋必將為我台灣牢牢掌控。」陳元贇將自己的南洋軍陣體系一口氣說了出來。
在這種情況之下，擁有專斷之權的官員，其能夠調用的實力太過龐大，很難保證其不生出二心。如此一來，對台灣來說將是個巨大的災難。
所以，幾乎所有的台灣軍政府官員都對蕭明乾的提議投了反對票。最後，蕭明乾想了想，也的確是這樣。或許到時候，那些總督同意被撤除，他們的手下也不希望這樣的事情發生，所以到現在蕭明乾都沒有真正的決定該怎麼安排呂宋的行政和軍事體制。
第三部ｍ.ｈｅtubook•com.cｏm分共計五十艘，由金路率領。負責擔任警戒任務，阻擋有可能出戰的孫新艦隊，和並不是非常令人放心的荷蘭艦隊。
但是蕭明乾剛一提出這個想法，便遭到了唐洪生，陳元贇等人強烈反對。雖然他們也知道只要台灣的武力一直保持強盛，那麼外派的官員就不可能對台灣產生威脅。但是事情一旦開了頭，那麼後續想要改變就會產生太多的問題，到時候台灣所要面對的不僅僅是一兩個總督的撤留問題，而是這個知道所形成的利益團體的問題。
「督軍大人，這『衣冠南渡』已經開始了，是不是該確定呂宋的主要官員的人選了。」目送這個龐大船隊慢慢離開，平復了激動的心情的陳元贇提醒蕭明乾道。
「督軍大人，這南洋當地土著雖多，但是其愚昧無知且極其懶惰，雖然人多，但是在元贇看來，對我們起不到什麼大的威脅，畢竟我們後續的移民的目的地可ｈｔｔps://ｗwｗ.heｔｕｂook•coｍ.ｃom都是南洋各島，只要當地漢人人數超過百萬，即使在個別小的地方吃點虧，也不會妨礙大局。而且只要海軍保持足夠的實力，那麼南洋各勢力，就不可能對我們產生真正的威脅。反而是派往南洋的官員，等南洋的人口增多了以後，在土著已經不再成為威脅的時候，難保他們不生出二心，所以萬不可給予他們太多專斷之權。」陳元贇極其中肯的勸道。
不過，在「衣冠南渡」計劃剛剛開始的時候，除了第二部分正在南洋給予西班牙人持續的壓力以外，第一部分和第二部分，正同時擔任首批運輸船隊的護航任務。畢竟萬事開頭難，一旦第一批成功了，那麼後續的就好辦多了。
其實在一開始，陳元贇就跟蕭明乾提過這個問題，但是當時蕭明乾並沒有做出決定，因為在蕭明乾看來，在戰爭階段，呂宋這樣新占之地，最好是實行軍政權利較為集中總督制，賦予派出去的官員和圖書一定的軍政專斷之權。
「哎難吶南洋畢竟不是台灣，如果不給當地官員一定的專斷權，他們在面對當地土著和西洋勢力的時候，不可避免的會出現縛手縛腳的情況，弄不好，會吃大虧的。」蕭明乾說出了自己心中的擔憂。
「是啊督軍大人，此事不可不防啊現在南洋幾大世家對待我台灣的態度便可見一斑啊。」唐洪生也贊同的說道。
按照蕭明乾的計劃，在南洋的局面打開之後，所有的移民將只在台灣做為期一年的中轉，待移民修養好了以後，他們將會全部運往南洋各地。如此一來，台灣的人口增長速度將會徹底的慢下來，可能十年後，台灣的人口都不會超過五百萬。
「嗯此為上策就依此行事。不過，我們掌控之地多了以後，還需要在市縣鄉之上再增加一個省。先生，這樣一來，南洋的各級行政人員，便需要軍政府負責委派了。至於組建第三艦隊，還需此戰之後，局勢稍微穩定了以後再說。」蕭明乾和圖書最終接受了陳元贇的建議。因為他突然間意識到，台灣不同於西班牙荷蘭這些西方殖民者，對南洋或許該實行更加強力的控制。
這樣一來，南洋的漢人人口將會急劇增加，十幾二十年後，很有可能超過台灣。再加上當地的土著，人口數量超過台灣是肯定的。
一千二百艘大小船隻，再加上一百二十艘海軍戰艦，這個規模是這個時代所從未見到過的龐大船隊。從早上七點開始，一直到下午兩點左右，所有的人員物質才裝船完畢。在蕭明乾一聲令下，整個船隊浩浩蕩蕩的開出了台中港，向南駛向茫茫大洋。
「嗯那你們有什麼好的建議？」沒辦法，蕭明乾只能將皮球踢給個唐洪生他們。
第一部分共計七十艘戰艦，由趙永岩率領，全程保護運送移民的船隻的安全。在這兩個月的時間里，他們被命令在任何情況之下，都不能離開他們所護航的運輸船隻十里以上，他們的任務只有一個，不惜一切代價保證運輸船隻的安全。