朝廷上下一片混亂，阮大鋮等飛馬傳信各處，趕緊起兵勤王，但無論是張國維，還是揚廷麟、李永茂都因為受議和影響，募兵之事受阻，不少義兵見朝廷已然議和，紛紛回家務農，使得諸臣根本無軍可援。

清兵入城，將公鎖拿，面見阿濟格，公立而不跪，阿濟格大怒，以腳踢其膝，公倒而又復立，阿濟格隨怒拔公發，直至拔盡，公自始大罵不止，后被斬殺。

夏允彝守關三日，便被清軍攻破，他被敗兵護著撤下關牆，心中悲切，知杭州亦不可守，時清兵又破關追殺而至，隨投入水中淹死。

杭州城陷，無數自南直隸南下的官員和士人，與絕望中自焚，投水者不計其數，其中禮部郎中劉萬春自焚死；事府少詹事、翰林院侍讀學士徐汧沈投水死；光祿寺卿葛征奇投水死；戶部郎劉光弼自縊死！

獨松關一破，浙省門戶大開，陳子龍守四安鎮，本是防備南京清兵，卻不想阿濟格自西面而來。

夏允彝同陳子龍被馬士英借故安排到獨松關、四安鎮等處和*圖*書駐守，出杭州時，兵不滿千，銀不滿萬，如今還未有一月，新兵募集不過數百人，如何能擋二十五萬清兵。

陳子龍得夏允彝書信，連忙盡起兵馬，得兩千餘眾，前往支援，行至半路，卻聞獨松關以破，夏允彝投水死，頓時嚎啕大哭：「今失舊友，痛殺吾也！」

左右見此連忙相勸，陳子龍又為夏允彝提晚詩云：「志在春秋真不愧，行成忠孝更何疑。」

午時，清兵大舉攻打杭州，總兵方國安自鎮江逃脫后，手中兵馬未損，還有兵近兩萬人，他同侄兒方元科，同清軍戰于湧金門下，決定降清的潞王卻喪心病狂地「以酒食從城上餉滿兵」。

時有絕命詩一首，為倖存明兵記下，「少受父訓，長荷國恩。以身殉國，無愧忠貞。南都既沒，猶望中興。中興望杳，安忍長存。卓哉吾友，虞求、廣成，勿齋、繩如，愨人、蘊生。願言從之，握手九京。人雖無死，不泯者心。修身俟命，敬勵後人。」

杭州城外，多鐸七萬大軍，無信心和圖書拿下杭州，正進退兩難之際，馬士英說動潞王求和，便正中下懷。

刑部尚書高倬，（此君本殉國於南京）得清兵入城時，以無法出城，隨於家中痛罵潞藩，而後上弔自盡。

阿濟格於安慶接到多鐸之信后，便立馬整軍備戰，並派戰船封鎖長江，以免被杭州朝廷得道消息，從而有所準備。

左懋第同黃道周等大臣，見清軍兵臨城下，連忙於潞王府求見監國，欲商議禦敵死守之策，卻不知潞王已經在張秉貞的勸說下，決議降清。

清軍二十五萬大軍，過池州，經過寧國府，直奔浙省而來，而朝廷卻因為割讓南直隸諸府，已令官員退到杭州，所以清兵一路，未遇抵抗，直道前軍進達天目山時，守衛獨松關的夏允彝才得知消息，他頓時便大驚失色。

吏部驗封司員外郎華永誠，憤然曰：「內無李、趙，外無韓、岳，唯一能戰者王士衡，還被逼出浙，今欲為建炎、紹興，亦不得矣！」

馬上英本非救時之才，只因風雲突變，才僥倖獲得高位，卻在入和圖書閣一年多以來，致使南京、杭州兩朝廷傾覆，令後人長嘆。

清軍勢大，杭州不可守，不少官員再次南奔，阮大鋮，朱大典亦從富陽乘周遁往婺州。

幾乎是王彥被困在南京之時，阿濟格亦得到馬士英，阮大鋮驅王彥大軍出餘杭的消息，他隨立馬盡起安慶之軍，以左部十五萬大軍為前驅，親領真滿州之軍，以及吳三桂等漢軍十萬人馬於後，渡過長江，直撲杭州。

華公死前，亦留絕命詩一首，雲：「視死如歸不可招，孤魂從此赴先朝。數莖白髮應難沒，一片丹心豈易消！世傑有靈依海岸，天祥無計挽江潮。山河漠漠長留恨，惟有群鷗伴寂寥。」人共傳之。

南京覆滅僅僅一月後，杭州再次傾覆，無數南渡士人，還未反應之間，便已經落入清軍之手。

未知名，而義死者，不可計數，西子湖上，更有舉家沉船而死者，國朝養士三百年，患難之時，忠義現！

左懋第、黃道周等人才知潞王欲獻城降清，心中無比失望，隨慌忙出了南門，正遇乘舟而逃和圖書的唐王殿下，隨一同往南面而逃。

馬士英不想局勢至此，心中悔恨無以復加，隨揮袖而涕，卻不慎墜入水中，后被方部士卒撈起，帶入方國安兵營。

多鐸為了讓明庭相信其議和誠意，匆匆自杭州撤退，而後又自南京，起兵北返，但他回南京之後，卻秘密寫下書信，令心腹送往安慶英親王阿濟格處，言：「若王士衡大軍出浙，則浙省再無大兵，可阻大清兵鋒，王兄當速起大兵，馬踏餘杭，一戰而定江南也！」

如今清庭兵威之盛，強於大明多矣。

多鐸在杭州城外，得見潞王求和使者張秉貞后，心中隨生一策，曰「瞞天過海，暗渡陳倉也。」

八月五日，阿濟格大軍進抵塘西，馬士英見二十五萬清軍，綿延不絕，心中恐懼，隨準備乘船出逃，卻正遇方國安部下士卒前來所餉，把他從船上拖走。

陳子龍在得知獨松關失陷后，又同吳日生引兵援杭，但卻因兵微將寡，被清軍所敗，兩千明軍只剩八百餘人，最後只得退入太湖占避清軍追殺。

多鐸于揚州，和*圖*書鎮江，蕪湖同明軍接連作戰之時，阿濟格以于安慶休整近兩月時間，大軍雖也不耐酷熱，但情況要好於久戰的多鐸之兵。

多鐸自然不會真心求和，他答應和談，卻有其險惡用心，其一，王彥三萬大軍入杭，他一時無法攻破杭州，恐又出現一次揚州之圍，耗費錢糧軍力。其二，時至七月，江南酷暑，北兵起自關外苦寒之地，多有不適，無法久戰。其三，可以議和麻痹明庭，索要歲貢，耗其錢糧，亦可借馬士英之力，逐王彥出浙，使杭州一無銀兩，二無強兵。

正與清兵激戰的方部官軍，頓時士氣大泄，方元科等將領視之，不禁雙目赤紅，隨於極度憤慨之下，引兵渡過錢塘，後來參加了擁立魯監國的行列。

西路阿濟格，三四月間屢破大順軍，於五月間得李自成被殺之訊息，隨覺流賊以平，起兵東下逼降左夢庚十五大軍，便一直於安慶休整。

這時清軍大舉侵入浙省，不日便至杭州的消息，已經隨著夏允彝的奏報，傳遍杭州，潞王頓時大驚，馬士英亦是嚇得口不能言。