除此之外，就是對軍隊進行整編，任命楊興、熊克武、蔣百里、潘文華、何應欽為軍事委員會委員，推舉楊興為軍事委員會主席。
內政部長：但懋辛
東北軍區司令員：藍天蔚、副司令員郭松齡、姜登選，下轄3個野戰軍，防區為東三省。
華北軍區司令員：劉湘、副司令員李宗仁、張之江，下轄3個野戰軍軍，防區為平津、河北、山西、熱河、察哈爾、綏遠；
憲兵司令：蔡濟民
中央銀行行長：徐代戡
外交部長：顧維鈞
陸軍大學校長：楊傑
商貿部長：黃大暹
民政部長：王寵惠
海軍司令：溫樹德
軍情處：趙渭賓
宣傳部部長：曾琦
建立四級軍區制度，分別為全國大軍區，省軍區，各地區軍區。
水利部長：潘復
科技部部長：蔡元培
考試院總統：居正
交通部長：程潛
西南軍區司令員：李家鈺，下轄2個野戰軍，防區為雲貴川藏。
司法院總統：于右任
經過提名，確定軍隊各部，各大軍區將官名單為：
空軍司令：黃光銳
如此全國共有20野戰軍，考慮到國民經濟承受力，各軍區主要培養士官，在和平年代，原則按照半員編製，在遭到外來勢力威脅后，則施行滿heｔubｏok.ｃom•cｏｍ員編製。由宣傳部統籌，通過新式傳播工具，如廣播、報紙，通過學生、軍人向民眾講解中國目前面臨的複雜國際環境，向民眾宣傳愛國主義，向民眾宣傳參軍意識，屯邊意識，對參軍普通民眾家屬、屯邊民眾家屬給予相應的物資與榮譽方面的獎賞。對軍隊進行重新改造，完成軍隊改造工作。所有將級軍官都需完成中國陸軍大學畢業，所有校級軍官都需完成士官學校畢業。加大新兵種建設，如空軍，海軍潛艇部隊，陸軍坦克部隊，炮兵部隊建設。加大軍隊後勤保障機制建設，在戰時對重要交通進行綜合管控，對軍用物資進行管控。……考慮到三北地區局勢複雜性，以及衛戍中央政權要求，三北軍區，中原軍區則按照編製的70%進行編製。士兵服役期為3年，服役期滿后，由各地退役辦對士兵統一進行考核，對優秀的士兵、或者黨員充實到地方基層機關。尉級軍官退役年限為35歲，校級軍官退役年限為45歲，中將以下將級軍官退役年限為60歲，對超過年限的，按照參軍年限，立功大小辦理退役手續。各級士兵退役后，轉入預備役，在第一年發放https://www.hetubook.com.com全額薪水，第二年發放半額薪水，直25歲前每年發放發放1個季度薪水，每年參加當年冬季各縣組織的為期一個月的集訓。對退役軍官，尉級軍官退役后需於5年內作為後備役軍官參与1個月訓練，作為補償，除了發放相應的退役金外，在37歲之前發放全額軍餉，在41歲前可領取半額軍餉。對校級軍官，退役后在45歲～55歲前退伍轉為預備役，每年參加2個月的訓練，作為補償，在55歲之前發放全額軍餉，在歲之前發放半額軍餉。對中將及其以上將級軍官，在60～65歲之前轉為預備役，每年參加3個月的訓練，作為補償，生前發放全額軍餉。對上將、大將以上軍官，在65歲前轉為預備役，作為補償，生前發放全額軍餉。完善各部基層黨支部建立，對於新建立的各部隊，都需在連級建立黨小組，設立專職指導員1名，宣傳員1名，書記1名。加強軍隊政治工作，在團及其以上軍事單位建立黨委會，黨務工作由各部政治部主任指導，負責軍隊文化學習，愛國主義宣傳，軍官提拔考核，軍隊後勤保障等工作。而各級軍事主官則主要負責軍隊訓練，www•ｈeｔubooｋ.ｃｏｍ•ｃoｍ軍隊演練工作。考慮到各地土匪甚多，各地鄉紳地方勢力甚為活躍，借鑒過去經驗，在各個團建立一個保安團，各個區建立保安連，各個鄉建立保安排，各個村建立保安班，以維護與鞏固地方治安。基層保安連連長、排長、班長需由退役軍官擔任，保安員則由當地20歲以下壯勞力充任，平時務工戰時隨時抽調參軍，以成為繼退役軍人之外的第二動員力量。作為補償，當地政府需每年發放1個月軍餉，以進行補償。
參謀次長：顧品珍、白崇禧
財政部長：熊希齡
另外，主要官員多為專業人士擔任，避免在國民政府草創過程中，由於難以尋覓到專業人士，如此保證了執行的一個效率。
鐵道部部長：李烈鈞
宣傳處：戴季陶
中南軍區司令員：王瓚緒，下轄2個野戰軍，防區為湖南、安徽、江西。
華東軍區司令員：李濟深，下轄2個野戰軍，防區為山東、江蘇、上海浙江。
監察院總統：章太炎
後勤部長：潘文華
全國八大軍區設置，各大軍區直屬的野戰軍、空軍、海軍與戰車部隊，以及各個省軍區。大軍區分別包括：
西北軍區司令員：鍾體道，副司令鄧寶珊，下轄3個野戰軍，防區和*圖*書為新疆、甘肅、寧夏、青海、陝西。
勞工部長：閻錫山
行政院副院長：唐紹儀行政院秘書長：謝持國防部長：熊克武
訓練總監：何應欽
鐵道兵司令：李烈鈞
中原軍區司令員：黃成毓，下轄3個野戰軍，防區為河南，湖北，該軍區衛戍首都，且作為戰略後備役。
參謀長聯席會議主席：蔣百里
經過改組，更注重南北平衡，改變剛剛成立時，武漢國民政府以南人為主的局面，改組后，國民政府內部有數名北人入閣，如眾議院院長吳景廉、司法院長於右任、勞工部長閻錫山、工業部長馬君武、水利部長潘復、教育部長梅貽琦等人多為北方人士，避免出現一種奇怪的論調，武漢政府為國民政府，保持了地域平衡性。
華南軍區司令員：楊森，下轄2個野戰軍，防區為兩廣、福建。
工業部長：馬君武
農業部長：王法勤
教育部長：梅貽琦
看到民眾意見甚大，楊興再次將自己政治理念合盤托出，中國目前還是貧困、落後的國家，中國目前完全實現民眾，還不太現實。即便如此，我們也應該加大民主進程，也應該建設民主法制，為未來實現憲政創造一切條件。楊興建議，考慮到國家剛剛統一，在三年內施行軍政，以利和_圖_書於各地剿匪，以利於各地穩定。成立專門的制憲會議重新進行修憲。在三年後，再施行訓政，由國民黨以黨代政，進行訓政，逐步帶領民眾走向民主法制過程中。在訓政過程中，5年實現鄉長、街道辦主任、縣議員等地方基層民主選舉。在10年內實現縣長、省議員民主選舉在15年內實現省長、國會議員民主選舉。在20年內實現總統民主選舉產生。在過渡期之前，對選舉人的學歷、財富等方面由專門法律確定相應要求，在過渡期后，則由當地年滿18周歲的成年男女作為選民自由選舉產生。看到疑惑的眾人，楊興笑道：在全民民選之前，中國最高國家元首還是國民政府主席，最高行政領導人還是行政院院長。為了打消終生總統的顧慮，楊興坦言，在民選總統后，總統任期為5年，最多只能認兩屆。……。雖然這個方案不能令所有人滿意，但是大家考慮到曾經參加反對袁世凱稱帝的護國組織，想到不是馬上擔任總統，不是馬上大權獨攬，一些人開始默認這種做法。經過推選，重新確定張瀾為參議院院長，吳景廉為眾議院院長。重新確認任命林森為國民政府主席，楊興為副主席，兼任行政院院長。隨後，對政府進行改組，改組名單如下：