而李朝認為東學是異端邪教，加以鎮壓，在1864年把第一代教主崔濟愚給殺了。
李鴻章派出的軍隊是分三批走海路在朝鮮牙山登陸的。第一批是作為前鋒的太原鎮總兵聶士成帶領的九百一十人。六月六日下午六時，自塘沽坐船於八日下午六時抵牙山海口，第二天登岸進扎牙山縣。第二批，是直隸提督葉志超所帶一千零五十五人，分乘海宴、定海二輪，於十日下午三時抵牙山海口。第三批是總兵夏青雲率領的五百名人乘海定輪渡海，於二十五日抵牙山縣。此時屯駐牙山的清軍人數達二千四百六十五人。
李鴻章確實是在操辦洋務外交，可是李鴻章對這個世界是很無知的。曾任沙俄交通大臣和財政大臣的維特（Sergei Yulyevich Witte）在回憶錄中提到過一次和李鴻章的會談。那是在1896年李鴻章參加俄國沙皇尼古拉二世的加冕式以後，會談時在談到加冕式以後發生前來祝賀的百姓因為互相推擠而造成擠死踩死3000餘人的大慘劇時，李鴻章說：「陛下是不知道這些的，對不對？」
甲方案中想定第一階段派第五師團出兵朝鮮，牽制清軍。然後看甲乙丙三種情況來繼續用兵進行第二階段，所謂甲乙丙三種情況就是指日本聯合艦隊取得黃海渤海制海權；和聯合艦隊不能取得黃海渤海的制海權，但北洋水師也取得不了；以及北洋水師取得黃海渤海制海權這三種情況。
對於李鴻章的幻想，日本的回復是第一混成旅團的第二批部隊6月27日在仁川的登陸。七月十四日，剛剛從臨時公使升格為日本駐清公使的小村壽太郎向總理衙門送達了日本政府的「第二次絕交書」內稱「查朝鮮屢有變亂之事，從其內治紛亂而來。我政府因念今俾該國能更正內治，絕變亂于未萌，莫善於兩國戮力同心者，緣兩國之與該國所有關係原常吃緊也。乃將此意提出清國政府，詎料清國政府定然不依，惟望撤兵，我政府實深詫異。近聞駐京英國大臣顧念睦誼，甚願日清兩國言歸於好，出力調停等語。但清國政府仍惟主撤兵之言，其於我政府之意毫無可依之情形。推以上所開，總而言之，清國政府有意滋事也。則非好事而何乎？嗣後因此即有不測之變，我政府不任其責！」
袁世凱會有些什麼主張呢？本來袁世凱就一直在計劃對朝鮮進行更加積極的干預，這次的東學黨動亂正好是個直接出兵的機會。那麼袁世凱知不知道根據《天津條約》一旦中國出兵，日本也有權出兵這回事呢？他知道，而且他知道日本肯定會出兵，但是他不知道日本將會怎樣的出兵。
袁世凱傻了，李鴻章呆了。
6月3日，朝鮮政府正式照會清廷請求支援。當天已經通過外相陸奧宗光的電報了解了此事的日本駐天津領事荒川已次拜會李鴻章，重複了杉村浚的話，使得李鴻章更加相信日本人無心朝鮮，出兵朝鮮就定了下來。6月6日駐日公使汪鳳藻，根據一八八五年中日《天津條約》有關條款照會日本外相陸奧宗光，告知清廷應朝鮮政府請求，按「我朝保護屬邦舊例」派令直隸提督葉志超「選帶勁旅，星馳朝鮮全羅、忠清一帶，相機堵剿，……一俟事竣，仍即搬回，不再留防。」
但是李鴻章還只是以為日本人在雞蛋裡挑骨頭有意找茬，而沒有看到這是日本在為以後擴大事態作準備。
大隊人馬確實馬上就來了。到6月16日，大島少將已經帶著近三千人馬在任川登陸了，加上一戶少佐的先遣隊，第一混成旅團已經來了一半左右的四千人了，加上海軍的松島、吉野、千代田、八重山、筑紫、大和、高雄、赤城八艦，兵力遠在中國軍隊以上，已佔有絕對優勢。ｍ•hｅtuｂoｏｋ•ｃoｍ•ｃｏｍ整個混成旅團八千人的任川登陸完畢是6月27日，這時日軍在漢城方面已經全部展開，隨時可以投入戰鬥。
7月23日聯合艦隊從佐世保起錨出發，24日晚到達仁川。在7月23日晚上在大鳥圭介公使指揮下的混成旅團第一大隊襲擊了朝鮮王宮，又重新迎回大院君來執掌政權。大院君所發的第一個命令就是任命大鳥圭介為朝鮮國王政治顧問。
大鳥不是來歸任的，他是到現場來指揮如何製造開戰的口實來的。
但這次全羅道的暴動在性質上和以往的類似於跳大神的東學黨大有不同，是一次官逼民反的暴動，朝鮮農民在貪官污吏的敲骨吸髓的盤剝下已經活不下去了。在趙秉甲治下，賣官鬻爵，橫徵暴斂，四間草房居然一年要交百余金的稅，十畝水田居然要收四石租子，農民只好鋌而走險，揭竿而起。
伊藤問川上。
這一來朝鮮政府和李鴻章袁世凱們都發了傻了。一開始就沒有想到日本會派兵，而且會派重兵的李鴻章居然到此時還沒有認真地想過日本是不是有向中國開戰的可能。李鴻章能想到的僅僅是日本出兵朝鮮妨礙了他進一步直接控制朝鮮。在日本大軍登陸的時候還在作著中日聯合撤軍的美夢。
接下來大院君又於7月25日更迭了內閣，向清廷駐朝鮮公使唐紹儀通告朝鮮單方面廢棄清朝之間存在的所有外交條約，並且要求在牙山駐紮的所有清軍和豐島海面上的北洋水師所有艦隻立即撤退。
「你的計劃呢？」
同時日本駐北京臨時代理公使小村壽太郎照會總理衙門，聲明根據《天津條約》「因朝鮮國現有變亂重大事件，我國派兵為要，政府擬派一隊兵」這是袁世凱也致電李鴻章表示從衫村浚得來的消息時日本政府派兵的目的只是「調護使館，無他意」李鴻章和袁世凱都自以為能自圓其說，並沒有多想，但後來當他們得知日本派兵的數量時嚇了一跳。日本派出來的決不是「調護使館」的數百人，而是一個混成旅團，七千人！
自「金玉均事件」以後就以「休假」的名義一直在日本國內的駐朝公使大鳥圭介就是在大本營成立的6月5日乘坐「八重山艦」在200名海軍陸戰隊員護送下前往朝鮮歸任的，與此同時，日本海軍的5艘軍艦也慢慢從釜山開往仁川。同一天，第九旅團旅團長大島義昌少將也率領剛剛從第五師團編成的第一混成旅團先頭部隊從廣島宇品港出發，在海軍艦艇的護衛下出發。
但是就算是邪教，也肯定有流行的理由。殺了崔濟愚，自有後來人，第二代教主崔世亨不久又在南部有了很大聲勢，他們打出的旗號是「為教主伸冤，驅逐倭洋」1893年3月東學黨人進入了漢城，要直接向國王訴冤，那時倒也還沒有搞武裝暴動，進了漢城以後還見機行事，把「為教主伸冤」的口號收了回去，只提「驅逐倭洋」趕走日本人就行了。
話說回來，就算是李鴻章當時撤了兵也沒有什麼用處，大清不會勵志圖強，而日本卻在圖謀崛起，再過幾年日本照樣找得到機會，大清也照樣敗。
為什麼大鳥圭介離開軍界呢？有個原因就是據說此人兵學學得不錯，但實際操作不行，打仗老是輸，沒贏過，大鳥自己給自己解嘲是「雖然沒有將才，但有將器，本官怎麼輸也始終面不改色」但雖然不是將才，在大島旅團長登陸以前，暫時指揮一下先遣隊對付袁世凱估計也還問題不大，再說大隊人馬馬上就要來了。
早在前一年東學黨人開始動作的時候，朝鮮政府中就已經有人提議向大清借兵，而且朝鮮內務府官員朴齋純還受韓王和袁世凱商量過這件事。袁世凱的意思是東學黨就一些烏合之眾，不值得大驚和圖書小怪，鬧出國際問題。加上向大清借兵是要朝鮮負擔軍費的，朝鮮本來就不寬裕，就算是有錢還想留著自己花呢，所以看看東學黨沒什麼動靜了，這是也就沒有再提，當然要不要進行改革更是無人過問。
而李鴻章所做的，正是日本所期望的。一開始是想雙方同時撤軍，在六月二十二日，日本政府發出「第一次絕交書」強硬地表示：「設與貴政府所見相違，我斷不能撤現駐朝鮮之兵」使李鴻章這一幻想破滅以後還不進行決一死戰的軍事準備，而是幻想依靠列強調停來使日本打消染指朝鮮的陰謀。
事態的發展，正在按伊藤博文的算計進行。6月1浚日伊藤博文收到杉村的電報以後立即召來了參謀次長川上操六中將，而川上聽到伊藤的「好像袁世凱終於把清軍帶進了朝鮮」這句話以後居然回答了一句：「果真不出所料」原來，川上在東學黨叛亂剛開始時就本能地感到日本出兵朝鮮的機會已經到來了，立即派出後來歷任參謀本部作戰部部長，第11師團中將師團長的伊知地幸介少佐前往朝鮮半島收集情報，5月31日才剛剛回到東京。
維特在回憶錄中寫道：「就是說，我們比中國人文明開化」李鴻章只是老佛爺的奴才，榮辱僅僅取決於老佛爺的喜怒哀樂。他不能理解議會制度下內閣的運作方式，也不能理解輿論的重要。在李鴻章們看來伊藤內閣自顧不暇，完全無力騰出手來和大清爭奪朝鮮，可李鴻章並不清楚其實伊藤博文不需要對時時刻刻掛在口中的「天皇陛下」負責，挑起對外戰爭是現代政府轉移民眾視線，緩和國內矛盾的常用手法。
1893年10月，還是由山縣有朋代表軍部向內閣提出了一份「軍備意見書」在這份意見書中，山縣有朋指出「歐洲目前保持著勢力均衡，短時間內發生戰事的可能性極小，列強們正在專心致志地計劃著對亞洲的侵略；特別是沙俄正在建設的西伯利亞鐵道可能在十年內建成，日本要在這幾年內整備好軍備，這樣不僅能在一旦有事之時保證禍不及身，而且還能乘機取得更大的利益……那時我國的敵人將不是支那，也不是朝鮮，而是英法俄諸國。」
機會總算來了。
在這段組織準備的時間內，日本軍部保持了低姿態，這就是在「壬午兵變」和「甲申政變」時，日本始終沒有採取激進行動，避免和清軍開戰的原因。但是恰好是這種低姿態，使得李鴻章和袁世凱放鬆了對日本應有的警惕，誤認為日本只是個「葺爾小國」對大清不構成威脅。
其實發了傻還有大鳥圭介：東學黨動亂居然平息了。
同時第五師團長野津道貫陸軍中將在接到參謀本部的命令之後將駐宇品附近的第九旅團兩個聯隊，加以騎、炮，輜重、衛生等兵力編為混成旅團，合計七千六百多人，旅團長為大島義昌陸軍少將，佩了兩個參謀，一個是日本陸軍諜報工作的鼻祖福島安正中佐，另一個則是在山縣有朋以後君臨日本陸軍十幾年的元帥陸軍大將上原勇作少佐。本來應該是等旅團全部編製完成後一起再出發，可是前幾天，日本駐天津公使館武官神尾光臣少佐來電報說清廷第一批派遣軍定於六日由山海關出發。這才不等混成旅團編製完畢，先派第十一聯隊第一大隊長一戶兵衛少佐帶了他的大隊於十二日在仁川登陸，十三日進漢城以後接受大鳥的直接指揮。
這時，戰爭其實已經開始了。
伊藤博文，山縣有朋，川上操六們一直在等待的機會來了。1893年初開始的「東學黨之變」給日本人提供了絕好的機會。
因此根本就沒有判斷出日本意圖的袁世凱做出了「即使日本派兵，也只不過和前兩次一樣，來個二三百人保護其使館安全」的判和_圖_書斷，六月一日，袁世凱致電李鴻章請求發兵。第二天杉村浚親訪袁世凱證實了朝鮮決定借兵，而袁世凱也已向李鴻章發電請求派兵的底細。
這個小川又次後來做到陸軍大將，第四師團師團長，是二戰戰敗后自殺的杉山元陸軍大將的老丈人。
這個作戰計劃就是陸軍制定的，所以陸軍早就作好了準備，現在海軍三景艦完成，所以海軍也算做好了準備，大家就等著找機會和大清開戰了。
「就是說日本要比對手先行動兩晝夜才能打個平手」伊藤笑了，「立即召開內閣會議討論派兵問題」「閣下」川上神秘地說，「在內閣會議上陸軍大臣會提議派一個混成旅團，希望閣下能夠支持」伊藤博文是個文人，不明白川上這句話到底是什麼意思。川上對伊藤解釋說，內閣可能會反對大規模派兵的計劃。所以陸相大山岩，參謀總長有栖川熾仁親王和川上次長商議下來的對策是採取派遣「混成旅團」的名義。當時日陸軍編製一個旅團不到三千人，但是如果用「混成旅團」的編製，加上工兵，炮兵什麼的，能達到七千多人。
6月6日日本外務省照復汪鳳藻：「查貴國照會中有『保護屬邦』之語，但帝國政府從未承認朝鮮國為中國之屬邦」與汪鳳藻扯起了皮。要求汪鳳藻修改，而汪則「正詞拒之」李鴻章也複電汪鳳藻：「文內我朝『保護屬邦舊例』，前事歷歷可證，天下各國皆知。日本即不認朝鮮為中屬，而我行我法，未便自亂其例。故不問日之認否，礙難酌改。」
然後第二天十日凌晨從仁川出發，下午進入漢城，于午後六時四十五分抵公使館。
電閃雷鳴之勢，距離韓國正式向清廷照會請求出兵只有五天！
日本陸軍早就做好了和大清作戰的準備。
「東學黨之變」在韓國和朝鮮是被稱作「甲午農民戰爭」的。開年二月份，全羅道就發生了反抗郡守趙秉甲的暴動，首領叫全琫准，是個東學黨人。東學是十九世紀中葉在朝鮮半島出現的一種半宗教半迷信的一種民間幫會，和後來中國的義和團有點類似。自稱是儒教道教佛教三教合一，老是念一種只有個字的咒文，據說多念了就可以包不生病，還可以實現天人如一的平等社會。
果然在6月2日召開的內閣會議上，海軍大臣西鄉從道注意到了這個「混成旅團」和「旅團」的區別，因為他原來是陸軍大臣。但西鄉也就只是皺了皺眉，認為陸軍這麼干有點偷雞摸狗的嫌疑，堂堂正正地說出來，又有誰敢說個不字？在西鄉這裏首先就過不了關。
如何應付起義軍成了朝鮮政府最大的難題，當時政府已經沒有鎮壓起義軍的能力了，可能的選擇就是和起義軍談判或者向清廷借兵鎮壓。
可是，清軍一開始行動，日本人就變臉了。
東學黨動亂既已平息，外國軍隊就沒有繼續在朝鮮半島上羈留的任何理由。如果李鴻章袁世凱能夠看到這一點，主動從朝鮮單方面撤軍的話，這是全身而退的最後一個機會。並不是說日本會由於清廷撤軍而打消其對朝鮮進而對大陸的侵略野心，而是因為當時的日本確實只是一個小國，想幹什麼壞事也必須找一個冠冕堂皇的借口，如果大清撤兵，則日本由於其外交上的孤立只能撤出朝鮮而等待以後的機會。所以大鳥當時的全副精力就是防止大清從朝鮮撤軍，為了把水攪渾，大鳥乾脆提出了一個「清日共同促進朝鮮內政改革」這麼一個明知道大清根本沒有可能接受的提案來爭取時間。
「天津到仁川需要兩晝夜，而從門司（位於現在的福岡縣北九州市）到仁川則需要四晝夜」川上興奮地報告。
維特很肯定地對李鴻章說：「沙皇尼古拉二世陛下一切都知道」據說李鴻章聽到以後十分吃驚：「我弄https://www.hetubook.com.com不懂這麼做的意義，我做總督的時候有1000萬人死於瘟疫，但我國的皇帝陛下什麼都不知道，你們怎麼能拿這些無足輕重的小事去讓皇帝陛下勞神呢？」
這次東學黨人來勢兇猛，恐怕不會無疾而終，這向不向大清借兵的問題就又出來了。兩湖招討使洪啟薰密奏朝王，提出借外兵助剿。最積極提議向大清借兵的是在朝鮮國王王李熙和閔妃支持下的閔泳駿。
閣僚會議很快就一致通過了為了和清國對抗，發兵朝鮮以衛護日本公使館及在朝日本僑民，兵力是由駐廣島的第五師團編成一個混成旅團的決議。6月5日，根據《戰時大本營條例》在參謀本部里設置了「大本營」應該說這個大本營是非法的。因為根據《戰時大本營條例》大本營的設置應該是在發布宣戰布告，進入戰爭狀態以後，可是6月5日日本還沒有向大清宣戰。可是誰又去管這些呢？兩天後的6月7日，陸軍大臣大山岩和海軍大臣西鄉從道分別發表布告，禁止報紙雜誌刊登一切與陸海軍行動有關的新聞。
九日，八重山到達仁川港。在此之前日本常備艦隊司令海軍中將伊東祐亨率松島、千代田、高雄三艦從福建馬祖島急駛釜山，然後直行仁川。此時，泊仁川港的日本軍艦為松島、千代田、八重山，筑紫、大和、赤城六艘，而中國僅有濟遠、揚威、平遠三艦。日本海軍力量遠遠凌駕于中國海軍之上。
李鴻章袁世凱們又是怎麼看這件事呢？
從東學黨動亂一開始，日本就一直在密切注視著事態的發展，因為北洋水師的平遠艦幫過朝鮮運兵，所以日本人知道大清不會置身事外，所不知道的只是清廷的出兵兵力和時機。駐朝公使館臨時代理公使，書記官杉村浚在得知朝鮮國王決定向大清借兵以後，還特地派了書記生鄭永邦去袁世凱處向其轉達「我政府必無他意」的口訊。
在日本駐清代理公使（公使是同時兼任駐朝公使的大鳥圭介）小村壽太郎向在天津的李鴻章通報日本出兵時，李鴻章還不解地問小村朝鮮沒有向日本請兵而日本何故出兵，小村的回答是：「根據《天津條約》日本有在事先通報的前提下向朝鮮出兵的權利」當時已經71歲的李鴻章還沒有意識到事態的嚴重性。繼續以朝鮮乃葺爾小國，彈丸之地聚兩國大軍。縱非有心生事，亦恐擦槍走火之類的道理來向年僅39歲的小村壽太郎施壓。
但李熙一直下不了決心，首先是有朝臣反對，認為借外兵剿自己人，總有點不上檯面，再有就是李熙自己也擔心借了大清軍，日本軍和俄國軍會不會一起來湊熱鬧。但是這次全州失陷，京畿震動，也顧不了什麼內人外人的了。至於日本和俄國的事，閔泳駿拍了胸脯，說袁世凱袁大人自有主張，不會出事。
但不肯撤軍，反而倒打一耙，把開戰的責任推給中國。
伊東祐亨抵仁川后，即至八重山艦會見大鳥圭介，商討進兵的計劃。當時決定，除了大鳥隨身帶的海軍陸戰隊之外，伊東還自各艦抽調人員編成聯合陸戰隊登陸護衛。聯合陸戰隊由松島副艦長海軍少佐向山慎吉任指揮官兼大隊長，海軍大尉中川藤次郎為大隊副官，海軍大尉島村速雄，井上保為大隊參謀，共計士兵四百餘人。當天晚上十時許，陸戰隊全部上岸，駐紮于仁川日租界。
李鴻章的對日判斷完全失誤。失誤不僅表現在對日軍實力的估價還停留在10年以前，在對日本政治局勢上也由於大清的體制而完全誤讀。當時日本政局相當不穩，由於伊藤內閣在和英國進行的修改不平等條約的談判上沒有進展從而被輿論和國會激烈攻擊為「軟弱無能的內閣」議會甚至還提出了對內閣的彈劾議案，伊藤內閣看起來處於內外交困，風雨飄搖
ｈｅtｕｂｏoｋ.coｍ•ｃｏm之中，隨時可能垮台。
大院君的身後站著日本公使大鳥圭介，站著日本陸軍和海軍聯合艦隊，這是日本帝國在向清朝宣戰，但不是正式的。
1882年朝鮮的「壬午兵變」剛剛結束的8月15日，陸軍的最長老山縣有朋大將就提出了一份意見書。山縣在這份意見書中提出「歐洲各國與我相距甚遠，無關痛癢」日本應該想定的敵國是「直接附近」的大清，如果不立即擴充準備與大清開戰的軍備則「帝國與誰語維持獨立，又與誰言富強」在這份意見書中，山縣提出了陸軍的作戰目標應該改為在大陸進行平野運動戰，將陸軍軍制現行面向防守的鎮台制改為面向進攻的師團制。山縣的建議得到了內閣和軍部的贊成，1888年已有的東京，仙台，名古屋，大阪，廣島，熊本六個鎮台分別改組成第一到第六師團，在組織上做好了和大清戰爭的準備。
山縣還預測：「不出十年，我國和俄國關係必將破裂。在此之前我國必須確保朝鮮，所以應該考慮到早日進行對清戰爭，這是絕對重要的前提」這份意見書所闡述的意見其實是山縣在代表陸軍參謀本部遞交從1887年開始由參謀本部次長川上操六少將主持，由參謀本部第二局長小川又次大佐制定的「征清大作戰構想」這個構想的制定花了四年，到最後編成了甲乙兩套方案，乙方案是對付俄國人的，甲方案是對付大清國的。
原來朝鮮朝廷上下和東學黨一看日清兩國大兵壓陣，一付要在朝鮮國土上開戰的架勢，階級矛盾立即就讓位於了民族矛盾。政府和東學黨談判成功，簽訂了內容包括「停止迫害起義者和東學道徒，合力維持社會秩序；嚴懲貪官污吏，橫暴富豪，不良儒林兩班；燒毀奴婢文書；改善賤民待遇；許青年寡婦再嫁；廢除一切擾民的苛捐雜稅；打破門閥界限，登用人才；嚴懲私通日本者；取消一切公私債務和平均分配土地」的《全州和約》東學黨義軍也退出了全州，動亂結束了。
明治政府倒也沒有怎麼為難他，反而派他去歐美考察，回來以後當了工部大學校（現在的東京大學工學部的前身）校長，搞實業去了。日本的科學技術人才的培養，水泥，玻璃，造船，紡織，石油，鐵道，礦業等重要行業的發展，都有他一份功勞。其實派他出任駐清公使兼駐朝公使，就在很大程度上反映了日本產業界要向外擴張的要求。
第一種情況，日軍在直隸附近平原地帶和清軍決戰；第二種情況日軍力爭確保朝鮮；第三種情況則在援助第五師團的同時完成本土防禦。
李鴻章袁世凱們只知道乘坐八重山艦去朝鮮歸任的大鳥圭作隨身帶了名警視廳的巡查，但並不知道八重山艦上還有200名海軍陸戰隊員。更不知道大鳥圭作隨身帶有陸奧宗光外相「可見機便宜行事，不拘於和平解決」的訓令。
同一天還設置了「陸軍中央金櫃部」實行與立法司法獨立的戰時財政——軍部可以隨心所欲地動用所有財政資源。
大鳥是外交官，能指揮軍隊？能。那年月日本還沒有什麼國家公務員制度，這些人都是從倒幕前後的內戰中打出來的。但大鳥有點特別，他不是明治政府的，他是幕府那邊的，還是死硬派，帶著一支叫「傳習隊」的隊伍從江戶逃出去以後，屢戰屢敗，屢敗屢戰，一直退到了北海道，一直到帶的兵全輸沒了以後才在箱館（現在的函館市）向明治軍隊投降。
1894年7月19日，根據軍令部官房主事山本權兵衛大佐提出的方案，將已經改名為「西海艦隊」了的警備艦隊和常備艦隊組成「聯合艦隊」這是日本海軍第一次組建聯合艦隊，伊東祐亨海軍中將為首任司令長官，首任參謀長為鮫島員規大佐。
現在伊藤博文就在採取這個手段。