中美聯合特混分艦隊方面，則沒有任何傷亡的記錄。
松平容保主持，新選組局長近藤勇執行，幕府對倒幕派進行了大規模的搜捕。所有倒幕派的皇族和公卿，都以「有謀逆毒弒先帝的嫌疑」而被逮捕，包括有栖川宮熾仁親王和其父幟仁親王。
「翁貝托國王號」為旗艦，六艘美艦擔任護衛，另有四艘運兵船，組成中美聯合艦隊「第二特混分艦隊」，東出馬關海峽，入周防灘，走瀨戶內海，半路停靠大阪。再由大阪啟程，出大阪灣，經紀伊水道，走太平洋外海，入江戶灣，最終抵達江戶城。
這些人中，最重要的包括：
薩摩藩士松方正義。
相當長的時間內，在中國和日本，「若狹灣事件」都是歷史研究的禁區。事件的當事人，主要是中美聯合特混分艦隊的官兵，不論是中國人還是美國人，對此事都諱莫如深，幾乎所有人都「把事件的真相帶進了墳墓里」。
高杉晉作大吼：「你們要幹什麼？天皇陛下在船上！」
不過，在殘酷和冰冷的政治現實面前，這些姻親關係，並不能給圍城中人帶來真正的保護。
對於「若狹灣事件」，歷史教科書上的權威記述是這樣的：
因此，孝明帝暴崩的時候，ｈtｔｐs://ｍ•ｈｅｔｕｂｏｏｋ.cｏm•cｏｍ有栖川宮熾仁親王父子正在「蟄居」之中，門都出不去，「毒弒先帝」神馬的，還真不關他們的事。
總之，除了官方的「權威發布」，不論哪種觀點，都沒人認為長州藩船隊是「自沉」。
長州藩藩主毛利敬親、毛利元德父子；高杉晉作、桂小五郎、伊藤博文以下，長州藩一切重要藩士。
「若狹灣事件」多年之後，在日本，一支叫做《若狹灣啊若狹灣》的歌謠悄悄地流行開來，曲調悲涼，似乎在隱晦地表達著什麼。
其實，有栖川宮家和德川家的關係相當密切，歷代通婚，有栖川宮熾仁親王本人就娶了德川慶喜的異母妹妹德川貞子。想一想他先是被德川家搶走了未婚妻，後來又娶了德川家的女兒——呃，真是有趣。
越前藩以敦賀港出現幕府密探為由，要求長州藩船隊自敦賀西移小濱，其實是為了拖延長州藩船隊的行動，以便有時間向中美聯合特混分艦隊報信——中美特混分艦隊已提前在越前岬東北海面埋伏。
至於松平慶永受到了什麼樣的壓力，幾乎是眾口一詞：中國「東進支隊」的統兵將領叫幕府給松平慶永傳話：越前藩如果不配和*圖*書合，中國「東進支隊」在完成對琵琶湖地區的搜索后，即「進入」越前藩。
在「若狹灣之役」中，長州藩四艘艦船全部沉沒，船上人員無一生還。
有人認為，中美聯合艦隊不知道天皇在船上；有人認為，中美聯合艦隊是知道天皇在船上的，炮擊長州藩船隊，就是要「斬草除根」。
若狹灣啊若狹灣，水晶濱的沙灘不聲響啦；
倒幕派公卿的核心人物中御門經之、中山忠能、岩倉具視、千種有父，還有「生野之變」失敗后避禍長州藩的澤宣嘉。
「若狹灣啊若狹灣，海水渾濁啦，河豚遊走啦；
一發炮彈在高杉晉作的腳底鑽進了「丙寅號」的船身，一百一十磅阿姆斯特朗后裝線膛炮的炮彈，幾乎一下子就把兩百多噸的「丙寅號」劈成兩半。
民間和野史，對「若狹灣之役」，有不同的說法。
有人認為，中美聯合艦隊根本沒打算和長州藩船隊談判，也根本沒打算接受投降，一開始就是要擊沉這四艘船的。
但有栖川宮熾仁親王是中國的張軍門點名要抓的人，松平容保當然照辦，反正這兩父子「倒幕」的帽子是摘不掉的。只是松平容保還沒有想明白，張軍門為什麼對這家人這麼上心。
關於越和*圖*書前藩藩主松平慶永在此事中的角色，人們普遍認為，他迫於壓力，出賣了天皇一行。
第一炮像是一個信號，在海面上首尾相連、一字橫排開來的七艘巨艦，側舷紛紛冒出白煙。
……
「禁門之變」時，有傳言進擊「御所」的長州藩兵是有栖川宮家帶的路；「禁門之變」后，幟仁親王、熾仁親王父子倆便被京都守護職抓了起來。孝明天皇雖然生氣，但畢竟都是皇族一脈，下不去死手，只是免去這爺倆的「進宮議事」的資格，命他們「閉門思過」。
「進入」越前藩後會幹些什麼，也不必說了。
關卓凡交代下去：第十六團和第十五團換防，由第十六團負責馬關防務，第十五團、海軍陸戰隊、近衛團以及炮兵一部，共同組成「第二東進支隊」，他本人親自率領，目的地：江戶。
有人認為，長州藩船隊確實不肯投降，但不是「自沉」，而是進行抵抗和試圖逃跑，結果在戰鬥中被一一擊沉。
之所以這麼安排線路，是因為，一來在大阪有事情要辦；二來長州藩全藩覆滅，瀨戶內海已經變成安全的航道，而近海岸航行，可以陳設兵威，「翁貝托國王號」的龐大身軀，會給瀨戶內海南北兩岸西南諸藩以更直接的震ｍ.hetuboｏｋ•ｃｏｍ.ｃｏm撼。
這就是他之前說的派給第十五團和海軍陸戰隊的「體面差使」。
新帝即位之後，朝廷大小事務都握在中山忠能、中御門經之、岩倉具視幾個人手裡，明治小皇帝和有栖川宮熾仁親王的感情雖好，可暫時也顧不上他，連正式的「解除蟄居」的敕令都沒來得及頒給他——所以，有栖川宮熾仁親王父子被捕，是真有點冤枉。
有幾點略作說明：若狹灣以海水清澈、透明度高見稱；若狹灣潮水流動性好，非常適合河豚生長，「若狹河豚」是和「馬關河豚」齊名的美食；若狹灣美濱町的海水浴場，有「水晶濱」之稱，這兒的沙灘，因踩在上面會發出聲音而被稱為「會響的沙灘」；若狹灣的漁民，一直承襲著一種古老的「翻跟斗捕魚」的作業方法。
明治天皇睦仁，孝明天皇統仁的異母妹妹敏宮，孝明天皇的皇后九條御子，孝明天皇的妃嬪堀河紀子、金城重子。
「若狹灣之役」，被後世史家稱為「永恆的懸案」。
若狹灣的戰報，以「絕密」的等級報到了馬關的關卓凡處。
……
若狹灣啊若狹灣，太郎忘記怎麼翻跟斗捕魚啦；
倒幕派公卿和長州藩士謀殺孝明天皇的陰謀敗露，鋌而走險，火燒皇宮，趁亂挾持和*圖*書
明治天皇出逃，在若狹灣被中美聯合特混分艦隊追上。但高杉晉作、桂小五郎、伊東祐亨等堅決不肯投降，四船自沉于若狹灣。
明治天皇睦仁是孝明天皇統仁的次子，有人偷偷地說，歌謠中的「次郎」，說的就是這位少年皇帝。
長州藩船隊被無數死神的巨拳連續不斷地錘擊著，「丙寅號」、「癸亥號」、「庚申號」、「落英號」上面的大炮也努力開火還擊，但就像四個小孩子對陣七個成年的拳擊手，長州藩的炮火，對中美特混分艦隊來說，只能算是搔癢。
炮彈呼嘯著落在距「丙寅號」不遠處的海中，濺起的浪花打在「丙寅號」的船頭，高杉晉作全身浸濕，小小的「丙寅號」劇烈地搖晃起來。
這一次，走的是海路。
若狹灣啊若狹灣，次郎你跑到哪裡去了呀。」
「第二特混分艦隊」載「第二東進支隊」上路之時，京都正在大動干戈。
高杉晉作被高高地拋向半空，他的最後一個念頭還是：你們要幹什麼？天皇陛下在船上！
中國和日本的官方，不論當時還是後世，對此事始終不稱「若狹灣之役」，而稱為「若狹灣事件」。
關卓凡看完戰報，輕輕舒了口氣：歷史真正翻開了新的一頁。
以伊東祐亨為首的龜山商社殘餘核心成員。