個人的私怨、妒忌、黨派衝突、謠言，交織成了一張誣陷的羅網，而最令人感到痛心的，是袁崇煥親信謝尚政的叛賣。謝尚政是東莞人，武舉，袁崇煥第一次到山海關、第一次上奏章就保薦他，說是自己平生所結的「死士」，可見是袁崇煥年輕時就結交的好朋友。他在袁的提拔下升到參將。袁殺毛文龍，就是這個謝參將帶兵把毛部士卒隔在圍外。兵部尚書梁廷棟總覺得要殺袁沒有甚麼充分理由，便授意謝尚政誣告，答允他構成袁的罪名之後可以升他為福建總兵。謝尚政利慾熏心，居然就出頭誣告這個平生待他恩義最深的主帥。
以袁崇煥知人之明，畢竟還是看錯了謝尚政。要瞭解一個人，那是多麼的困難！袁崇煥對崇禎的胡塗與奸臣的誣陷，或許並不痛恨，因為崇禎與眾奸臣本來就是那樣的人，但對於謝尚政的忘恩負義，一定是耿耿於懷吧？或許，他也曾想到了，就算是岳飛，也被部下大將王貴所誣告，因而構成了風波亭之獄。只是王貴誣告，是由於秦檜、張俊的威迫，謝尚政卻是受了利誘，比較起來，謝尚政又卑鄙些。可是謝尚政枉作小人，他的總兵夢並沒有做成，不久梁廷棟以貪污罪垮台，查到謝尚政是賄賂者之一，謝也因此革職。
袁崇煥死後，骸骨棄在地下，無人敢去收葬。他有一個姓佘的僕人，順德馬江人，半夜裏去偷了骸骨，收葬在廣渠門內的廣東義園。隔一道城牆，廣渠門外的一片廣場之上、城壕之中，便是八個半月之前袁崇煥率領將士大呼酣戰的地方。他拚了性命擊退來犯的十倍敵軍，保衛了皇帝和北京城中百姓的性命。皇帝和北京城的百姓則將他割成了碎塊。
滿桂部隊最初敗退到北京時，軍紀不佳，在城外擾民，北京百姓不分青紅皂白，把罪名都加在袁崇煥頭上。
崇禎身邊掌權的太監，大都在北京城郊有莊園店舖私產，清兵攻到，焚燒劫掠，眾太監損失很大，大家都說袁崇煥引敵兵進來。毛文龍在皮島當東江鎮總兵之時，每年餉金數十萬，其中一大部分根本不運出北京，便在京城中分給了皇帝身邊的用事太監。毛文龍一死，眾太監這些大收入都斷絕了。
因為北京城的百姓認定，去年清兵圍城是他故意引來的。很難說這樣的謠言從何而來，是痛恨袁崇煥的大臣與太監們散播出去的？還是一般群眾天生的喜歡聽信謠言？又或許，受到了重大驚恐和損失的北京百姓需要一個發洩的對象？
袁崇煥被綁上刑場，劊子手還沒有動手，北京的眾百姓就撲上去搶著咬他的肉，直咬到了內臟。劊子手依照規定，一刀刀的將他身上肌肉割下來。眾百姓圍在旁邊，紛紛叫罵，出錢買他的肉，一錢銀子只能買到一片，買到後咬一口，罵一聲：「漢奸！」
此外還有幾名御史高捷、袁弘勳、史范土等人，也主張殺袁崇煥，他們卻另有私心。當袁崇煥下獄之時，首輔是錢龍錫，和圖書他雖曾批評袁崇煥相貌不佳，但一向對袁很支持。高捷等人在天啟朝附和魏忠賢。懲辦魏忠賢一夥奸黨的案子叫做「逆案」，高捷、史范等案中有名，只不過罪名不重，還是有官做。錢龍錫是辦理「逆案」的主要人物之一。高捷一夥想把袁崇煥這案子搞成一個「新逆案」，把錢龍錫攀進在內。因為袁崇煥曾與錢龍錫商量過殺毛文龍的事，錢並不反對，只勸他慎重處理。「新逆案」一成，把許多大官誣攀在內，老逆案的臭氣就可沖淡了。結果新逆案沒有搞成，但錢龍錫也丟官下獄，定了死罪，後來減為充軍。
至於「擅主和議」，也不過是進行和平試探而已，並非「擅締和約」。袁崇煥提出締和建議而給朝廷否決，崇禎如果認為他「擅主和議」是過失，當時就應加以懲處，但反而加他太子太保的官銜，自二品官升為從一品，又賜給他蟒袍、玉帶和銀幣。又升又賞，「擅主和議」這件事當然就不算罪行了。
袁崇煥的罪名終於確定了，是胡裏胡塗的所謂「謀叛」。崇禎始終沒有叫楊太監出來作證。擅殺毛文龍和擅主和議兩件事理由太不充分，崇禎無論如何難以自圓其說，終於也不提了。本來定的處刑是「夷三族」，要將袁崇煥全家、母親的全家、妻子的全家都滿門抄斬。余大成去威嚇主理這個案子的兵部尚書梁廷棟：「袁崇煥並非真的有罪，只不過清兵圍城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已換了六位尚書，親眼見到沒一個尚書有好下場。你做兵部尚書，怎能保得定今後清兵不再來犯？今日誅滅袁崇煥三族，造成了先例，清兵若是再來，梁尚書，你顧一下自己的三族罷。」
程本直、佘僕的行為表現了人性中高貴的一面。謝尚政的行為表現了人性中卑劣的一面。袁崇煥的死法，卻又顯示了群眾在受到宣傳的愚弄、失卻了理性之後，會變得如何狂暴可怖。袁崇煥是一團火一樣的人，在他周圍，燃燒的是高貴的火焰、邪惡的火焰、狂暴的火焰。這些火焰就像他本人靈魂中的火焰那樣，都是猛烈地閃亮的。
這時關外的將吏士民不斷到總督孫承宗的衙門去號哭，為袁崇煥呼冤，願以身代。孫承宗深信袁崇煥是無罪的，極力安撫祖大壽，勸他立功，同時上書崇禎，盼望以祖大壽之功來贖袁崇煥之「過」。崇禎不予理睬。
當時朝臣之中，大約七成同情袁崇煥，其餘三成則附和皇帝的意思，其中主張殺袁崇煥最力的是首輔溫體仁和兵部尚書梁廷棟。
御史曹永祚忽然捉到了奸細劉文瑞等七人，自稱奉袁崇煥之命通敵，送信去給清軍。這七名奸細交給錦衣衛押管。崇禎命諸大臣會審，不料到第二天辰刻，諸大臣會齊審訊，錦衣衛報稱：七名奸細都逃走了。眾大臣相顧愕然，心中自然雪亮，皇上決心要殺袁崇煥。錦衣衛是皇帝的御用警察，放走這七名「奸細」，自然是出於皇帝的密旨。猜想起來，那御史曹永祚本來想附和皇帝，安排了七名假奸細來誣陷袁崇煥，但不知如何，部署無法周密，預料眾大臣會審一定會露出馬腳。崇禎就吩咐錦衣衛將七名ｈtｔｐs://m•ｈeｔuｂｏｏk•ｃｏm.ｃｏm奸細放了，更可能是悄悄殺了滅口。
有一個沒有任何功名職位的布衣程本直，在這時候顯示了罕有的俠義精神。這樣的事，縱然在輕生重義的戰國時代，也足以轟傳天下。
「凌遲」規定要割一千刀，要到第一千刀上才能將人殺死，否則劊子手有罪，那就是所謂「千刀萬剮」。所以罵人「殺千刀」是最惡毒的咒罵。
程本直與袁崇煥素無淵源，曾三次求見都見不著，到後來終於見到了，他對袁欽佩已極，便投在袁部下辦事，拜袁為老師。袁被捕後，程本直上書皇帝，列舉種種事實，為袁崇煥辯白，請求釋放，讓他帶兵衛國。這道白冤疏寫得怨氣沖天，最後申請為袁崇煥而死。崇禎大怒，將他下獄，後來終於將他殺了，完成他的志願。
袁崇煥無罪被殺，對於明朝整個軍隊士氣打擊非常沉重。從那時開始，明朝才有整個部隊向滿清投降的事。更有人帶了西洋大炮過去，滿清開始自行鑄炮。遼東將士都說：「袁督師這樣忠勇，還不能免，我們在這裏又幹甚麼？」降清的將士寫信給明將，總是指責明朝昏君奸臣陷害忠良。
那姓佘的義僕終身守墓不去，死後就葬在袁墓之旁。非常奇怪的是，佘君的子孫世世代代都在袁崇煥墓旁看守。直到民國五年，看守袁墓的仍是佘君的子孫，他們說是為了遵守祖宗的遺訓。
袁崇煥蒙冤下獄，朝中群臣大都知他冤枉。內閣大學士周延儒和成基命、hetubook.com.com吏部尚書王來光都上疏解救。總兵祖大壽上書，願削職為民，為皇帝死戰盡力，以官階贈蔭請贖袁崇煥之「罪」。袁崇煥的部屬何之壁率同全家四十餘口，到宮外申請，願意全家入獄，代替袁崇煥出來。崇禎一概不准。
大學士韓爌是袁崇煥考中進士的主考官，是袁名義上的老師，因此而被迫辭職。御史羅萬爵申辯袁崇煥並非叛逆，因而削職下獄。御史毛羽健曾和袁崇煥詳細討論過五年平遼的可能性，因此而罷官充軍。
袁崇煥不是高瞻百世的哲人，不是精明能幹的政治家，甚至以嚴格的軍事觀點來看，他也不是韓信、岳飛、徐達那樣善於用兵的大軍事家。他行事操切，性格中有重大缺點，然而他憑著永不衰竭的熱誠，一往無前的豪情，激勵了所有的將士，將他的英雄氣概帶到了每一個部屬身上。他是一團熊熊烈火，把部屬身上的血都燒熱了，將一群靡不振的殘兵敗將，燒煉成了一支死戰不屈的精銳之師。他的知己程本直稱他是「癡心人」，是「潑膽漢」，全國惟一肯擔當責任的好漢。袁崇煥卻自稱是大明國裏的一個亡命徒。亡命徒是沒有家庭幸福的，日日夜夜不得平安。官居一品，過的卻是亡命徒生涯，只因這十年之中，他生命之火在不斷的猛烈燃燒。
從長遠來說，人民的眼睛確是雪亮的，然而當他們受到欺蒙之時，盲目而衝動的群眾，可以和暴君一樣的胡塗，一樣的殘酷。但隔得遠了一些，自己的生命財產並不受到直接的影響時，人們就可以冷靜地思考了，所以除了北京城裏一批受了欺騙的百姓，天下都知道袁崇煥是冤枉的，連朝鮮的君臣百姓也知道他的冤枉，為他的被害感到不平。和_圖_書
吳三桂是祖大壽的外甥。吳的父親吳襄曾做寧遠總兵，和祖大壽是關遼軍中同袍，都是袁崇煥的部屬。當明清之際，漢人的統兵大將十之七八是關遼一系的部隊。吳三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、左良玉、曹文詔、曹變蛟、黃得功、劉澤清等都是。這些人有的投降滿清，有的為明朝戰死，都是極有將才之人，麾下都是悍卒健士。袁崇煥若是不死而統率這一批精兵猛將，軍事局面當然完全不同了。吳三桂如是袁崇煥的部將，最多不過是「抱頭痛哭為紅顏」而已，根本沒有機會讓他「衝冠一怒」，為了陳圓圓而引清兵入關。
梁廷棟給這番話嚇怕了，於是和溫體仁商議設法減輕處刑，改為袁崇煥凌遲，七十幾歲的母親、弟弟、妻子，幾歲的小女兒充軍三千里。母家、妻家的人就不牽累了。
溫體仁是浙江烏程（吳興）人，在《明史》中列於《奸臣傳》。他和毛文龍是大同鄉，一心要為毛報仇。梁廷棟和袁崇煥是同年，同是萬曆四十七年的進士，又曾在遼東共事。當時袁崇煥是他上司，得罪過他。他心中記恨，既想報仇，又要討好皇帝。
兵部職方司主管軍令、軍政，對軍務內情知道得最清楚。職方司郎中（司長）余大成極力為袁崇煥辯白，與兵部尚書梁廷棟幾乎日日為此事爭執。當時朝廷加在袁崇煥頭上的罪名有兩條，一是「叛逆」，二是「擅主和議」。所謂叛逆，惟一的證據是擅殺毛文龍，去敵所忌。袁崇煥擅殺毛文龍，手續上固有錯誤，可是毛死之後，崇禎明令公佈毛文龍的罪狀，又公開嘉獎袁崇煥殺得對，就算當真殺錯，責任也是在皇帝了，已不能作為袁崇煥的罪名。
袁崇煥死後，舊部祖大壽、何可綱率軍駐守錦州m.hetubook.com.com、寧遠、大凌河要塞，清軍始終不能越雷池一步。崇禎四年八月，皇太極以傾國之師，在大凌河將祖大壽緊緊包圍，十月間祖大壽不支投降。副將何可綱不降，被殺。祖大壽騙皇太極說可為滿清去取錦州，但一到錦州，立即就守城，此後皇太極派大將幾次進攻都打不下來。皇太極兩次御駕親征，攻錦州、攻寧遠，都無功而退。直到崇禎十四年三月，清兵大軍再圍錦州，整整圍攻一年，到第二年三月，先擊潰了洪承疇十四萬大軍，祖大壽糧盡援絕，又再投降。祖大壽到順治十三年才死，始終不曾為滿清打過一仗，大概是學了《三國演義》中「身在曹營心在漢」的宗旨，滿清也沒有封他甚麼官。比之滿桂、趙率教、何可綱、孫祖壽等人，祖大壽有所不如，但比之其餘的降清大將卻又遠勝了。
但崇禎對於這樣性質相同的簡單推論，竟是完全不顧。
崇禎一定很清楚的知道，單憑楊太監從清軍那裏聽來的幾句話，就此判定袁崇煥有罪，那是不能令人信服的，何況這「群英會蔣幹中計」的故事，人人皆知。皇帝而成了大白臉曹操，太也可羞。這時發生了一件奇怪的事：
嘉靖年間，曾有過一個類似的有名例子：在徐階的主持下，終於扳倒了大奸臣嚴嵩、嚴世蕃父子。嚴世蕃十分工於心計，在獄中設法放出空氣，說別的事情我都不怕，但如說我害死沈煉、楊繼盛，我父子就難逃一死。三法司聽到了，果然中計，便以此定為他的主要罪名。徐階看了審案的定稿之後，說道：「這道奏章一上去，嚴公子就無罪釋放了。」三法司忙問原因。徐階解釋理由：殺沈楊二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你們說沈楊二人殺錯了，那就是指責皇上的不是。皇上怎肯認錯？結果當然釋放嚴世蕃，以證明皇帝永遠正確。三法司這才恍然大悟，於是胡亂加了一個「私通倭寇」的罪名，就此殺了嚴世蕃。
司馬遷在《留侯世家》中說，本來以為張良的相貌一定魁梧奇偉，但見到他的圖形，容貌卻如美女一般。我們看到袁崇煥的遺像時，恐怕也會有這樣的感覺。圖像中的袁崇煥雖不怎樣俊美，但洵洵儒雅，很難想像這樣的一個人竟會如此剛強俠烈。
對於這件事，負責監察查核軍務的兵科給事中錢家修向皇帝指出了嚴重責問。崇禎難以辯駁，只得敷衍他說，待將袁崇煥審問明白後，便即派去邊疆辦事立功，還準備升他的官。崇禎這個答覆，其實已等於承認袁崇煥無罪。