大西軍頓時驚潰，護龍軍四齣追擊，破一百三十余營。大西政權亡。孫可望、李定國等收集余部，由順慶（今四川南充）南奔，後於川滇黔地區堅持抵抗護龍軍。
二十五日，朴正恩遣麾下數將等分別於漢中、西鄉（今屬陝西）追擊大西軍賀珍、孫守法部和劉體純部。
據說，這一冊內容有人拿給了被看押在北京的史可法看，史可法看了后痛哭流涕，在當夜自盡。
顯然，戰爭的中心已由西北轉向東南。史可法見情勢危急，檄招江北各鎮支援揚州，僅總兵劉肇基率所部4000人自高郵（今屬江蘇）入援。
此後，朴正恩乘勝攻入四川中南部之榮昌、隆昌、富順、內江、資陽、夔州及貴州之遵義等地，至大明攝政王五年（1648年）二月，四川略定，班師回京。
這時，故明總兵曾英、參將王祥聯兵趨成都。在護龍軍和明軍、鄉紳武裝的多路進攻下，大西軍於七月放棄成都，撤往陝西，「以躡敵後」。
m.hetubook.com.com護龍軍隨即發起攻城。史可法泣諭士民，為死守計，督萬余官兵登陴分守各門，自守舊城西門險要。劉肇基守西北門。二十二日，總兵李棲鳳、監軍高岐風率4000餘人乘夜出降，使城中守備更加薄弱。二十三日，總兵劉肇基請求，乘敵不備，背城一戰，未被史可法接受。
然而，在冉義破城之後，並沒有行大肆屠戮之舉，而是分發軍糧給飢荒嚴重的揚州百姓，史料記載，揚州百姓心服之。而冉義，也因為在對南明作戰中的一系列親民作風，給他贏得了極好的聲譽，甚至在後來一度演變成用冉義的肖像做門神的習俗，那一桿長槍，永遠矗立在江南百姓心中。
這時，孟氏在江南各地的秘密糧庫幫了護龍軍的大忙，不僅解決了護龍軍自身的糧草問題，還能間接地可以拿這些糧草來收買人心。
征討大西的過程中，朴正恩謹慎行軍作戰的風格得到最大發揮，以步步為營的方https://m.hetubook.com.com陣硬是將張獻忠慢慢逼入了絕境，最後也算是張獻忠命已該絕，死於亂軍之後，看似人數眾多的大西軍皆是作鳥獸散。
時大西軍尚有部眾數十萬，列營于西充縣境。朴正恩以降將劉進忠為嚮導，自己親自為先鋒，星夜兼程，進擊大西軍。
與此同時，南明派往北京講和的使臣左懋第被扣留，南北和議宣告失敗。
不多時護龍軍已到，張獻忠急率部將出營，至鳳凰山。時護龍軍已及營門，僅一小溪之隔。張獻忠方引弓，卻被朴正恩軍中火槍手射中，陣亡。
大明攝政王二年正月，定國大將軍冉義率軍攻克潼關，破陝之局已定，便奉大明攝政王龍辰之命轉兵東南，兵鋒直指南明。
三年正月，大明攝政王龍辰又增派靖遠大將軍朴正恩入川。這樣，大西軍同時面臨故明軍隊與護龍軍主力的兩面進攻，局勢嚴重。
此間，護龍軍多次勸降，均被拒絕。二十四日，護龍軍從泗州運來和*圖*書紅夷大炮。二十五日，冉義集巨炮猛轟城西北隅，城破。護龍軍壘屍為梯，蜂擁攀援入城。
大明攝政王二年（南明弘光元年，1645年），在清滅南明弘光政權之戰中，南明弘光朝兵部尚書史可法督率揚州軍民抗禦護龍軍圍攻的城池守衛戰。
而後來，在大明攝政王龍辰親自命人修撰的功過錄中，就寫到了史可法為求一人之名聲置千萬揚州百姓性命于不顧之事，執筆者深刻剖析了史可法的內心世界，並且將其血淋淋的呈現出來。
再次向世人證明了，這些看似強大的農民軍，不過是烏合之眾罷了。
二十七日凌晨，護龍軍抵西充。時大霧彌空，大西軍哨兵報后營路有盔甲聲，張獻忠謂其煽惑軍心，立斬哨兵數人。
十一月，朴正恩率部抵四川南部縣，大西軍保寧（今四川閬中）守將劉進忠歸降。
揚州是長江以北的重鎮，又是弘光朝廷所在地南京的門戶。史可法于弘光元年（1644年）五月始，便著手以揚州為中ｍ.heｔｕｂｏｏk•ｃｏｍ.ｃom心的防禦。他將高傑、劉良佐、劉澤清、黃得功四部，分別部署于泗州（今安徽泗縣）、臨淮、淮安、廬州，自駐揚州，節制調遣。此時，護龍軍主力正在兩路進攻陝西李自成大順農民軍，暫時無暇顧及南方，然而南明弘光朝廷並未如史可法所請，乘機率師北伐，而是忙於內訌火併、爭權奪利，把希望寄託于向護龍軍求和，南北划江而治。
四月十七日，護龍軍前鋒進抵揚州城郊，集結兵力，搜羅船隻。十八日，冉義率主力兵臨揚州城下，先派明降將李遇春等勸降，遭史可法拒絕。
三月，故明川陝總督樊一蘅、兵部尚書四川督師王應熊，會師瀘州（今屬四川），約期進攻大西軍。故明參將楊展，亦攻大西軍，取嘉定（治今四川樂山），佔領川南諸州縣。
史可法在守城時曾蠱惑揚州百姓說：城若破，護龍軍必定屠城。
大西軍十余萬眾試圖順長江東進湖北，遭到阻攔，于彭山（今四川眉山以北）敗於楊展，退回成都。五月初https://www.hetubook.com.com五日，朴正恩率部由西安向漢中進發。十八日，護龍軍抵雞頭關，擊敗大西軍；及抵漢中，又擊潰大西軍賀珍營。
大西軍在四川，主要與故明殘軍及官紳武裝作戰。二年十一月，大明攝政王龍辰以駐防西安內大臣李九成為定西大將軍，領諸路兵馬進兵四川，征剿大西軍。
大明攝政王二年（1645年）三月至三年（1646年）十一月，在護龍軍統一戰爭中，進行了絞殺張獻忠大西政權的作戰。大明攝政王元年（1644年）十一月，農民軍領袖張獻忠於成都稱帝，國號大西。時護龍軍主力正於山東、陝西與李自成大順軍作戰，后又進軍東南，與南明弘光政權作戰，無暇西顧。
史可法被俘，冉義敬重其忠義，命兵士好生看押，不得虐待，送到北京由攝政王龍辰去定奪處置。
護龍軍連日由四面向城中發炮，屢毀城牆。史可法督軍民以草袋盛土填障，修補城牆，多次擊退護龍軍的進攻，殺護龍軍數千。同時，史可法血疏告急，請求援兵，不應。