李成棟軍攻廣西亦受挫，退回廣東。時大順農民軍余部李過、郝搖旗等與南明聯合抗擊護龍軍，軍勢大振。
七月，護龍軍破義烏，取東陽，下金華，陷衢州、嚴州（今浙江建德東北），迅速平定浙東。朱以海逃奔舟山，魯王政權名存實亡。守御浙閩交界仙霞嶺的南明將領鄭芝龍，以備海寇為由，盡撤兵回安平鎮（今福建晉江安海鎮）。八月，護龍軍克建寧（今福建建甌市），遂進兵入閩。大明攝政王四年（1647年）魯王入閩，繼續以抗擊護龍軍相號召。二月，魯王部從先後攻克海澄（今福建龍海）、漳浦，未幾復失。
大明攝政王十八年（1661年）九月，護龍軍分兩路追擊南明永曆帝。吳三桂率右路5萬兵，出隴川、勐卯（今瑞麗）；馬寧、王·輔臣率左路2萬兵，出姚關。
八月十八日，阮進敗死於橫水洋。九月初二日，護龍軍破舟山，張名振奉魯王航于海上。后鄭成功迎魯王居金門。大明攝政王九年（1652年）正月，張名振、沈宸蒼、張煌言奉魯王抵廈門。
南明沿江守軍皆潰。總兵鄭鴻逵、鄭彩部水師東遁入海，退回福建。十四日，護龍軍自鎮江南下丹陽，西趨句容，直抵南京城下。大明攝政王二年（1645）五月十五日大臣趙之龍、王鋒、錢謙益等獻南京城投降，護龍軍佔領南京。
四月，復遣諸路援軍前往大同。其間，龍辰兩次親往大同，多次諭降大同叛軍。
至七月，魯王僅余寧德、福安二縣。大明攝政王六年（1649年）四月，護龍軍將領陳泰底定全閩，鄭彩率師他去，張名振、阮進護魯王奔浙，抵南田（今浙江牛頭山）。
十一月龍辰又命孫承宗之孫，自己的m.hetubook.com.com義子孫建功為靖南將軍率軍增援廣東，以防李定國部東進。
五月二十日，護龍軍陳兵錢塘江北岸，時魯王諸軍綿亘200餘里，艤舟江上以待。護龍軍未具舟楫，不能渡。
廣西方面，大明攝政王六年十二月李九成所部先敗三路攻全州之南明軍，再敗道州之南明軍，于大明攝政王七年（1650年）正月班師回京。
七月，魯王親征，到達長垣，會鄭彩、周瑞、周崖芝、阮進諸師攻福州，敗績，遂合。
大明攝政王七年（1650年）十月，護龍軍浙閩總督陳錦圍剿四明山等山寨抵抗力量，張煌言、王翊等敗走舟山。
魯王政權主要擁有張國維、方國安、王之仁、錢肅樂等部武裝，含大量水師，布置於錢塘江南岸。八月，魯監國大學士張國維連克富陽（今屬浙江）、于潛（今浙江臨安西紫溪東岸）。
大明攝政王三年（1646年）三月，王之仁率舟師于錢塘揚帆，大敗護龍軍，乘勝進圍杭州，不克，遂還。
二月，護龍軍突襲江西信豐之李成棟營，李成棟死。
十月十四日，張國維出師錢塘，會同錢肅樂等部合攻杭州，于城郊連戰10日，獲小勝。
二十三日，定遠大將軍龍傲率師15萬，號稱30萬，進攻衡州，誤中李定國伏，結果龍傲率部死戰，最終率軍反擊成功，擊敗了李定國部，挫敗了李定國的埋伏。
六月初五日，大明攝政王龍辰詔令下達江南各處，安穩江南民心，並繼續撫剿江南未下城邑。
大明攝政王三年八月，大明攝政王龍辰命孔有德為平南大將軍，率部進攻湖廣和廣東。十月，大明攝政王龍辰又命佟養甲、李成棟領兵由閩南攻廣東www.hetubook.com.com。
魯王朱以海賜上方劍，令張國維總領諸軍。九月初二日，鎮東侯方國安、武寧侯王之仁率部從富陽進攻杭州，被護龍軍擊敗。
大明攝政王十七年（1660年）八月，龍辰以自己第三子，孟安安所出，龍缺為定西將軍，率部往雲南會剿。
大明攝政王十五年（1658年）四月護龍軍攻佔貴陽，遂定貴州。
護龍軍一部援杭州，明軍遂退。
此後，魯王即于浙江沿海飄泊。六月，張名振率軍自南田收復健跳所（今屬浙江臨海）迎魯王居之。九月，張名振等襲殺南明隆武政權將領黃斌卿，奪舟山，移魯王往。
二十二日，護龍軍俘獲逃奔蕪湖的弘光帝朱由崧。至此，弘光政權亡。南明先後歸降者共計馬步兵23.8萬人。二十四日，冉義抵南京。
同月，護龍軍攻佔湘潭，擒殺明東閣大學士何騰蛟，衡、永、寶、郴等州下。
大明攝政王龍辰令定南王孔有德軍于湖廣積極動作，並以李九成定遠大將軍，統兵往湖廣，協孔有德部；命吳三桂自錦州移鎮漢中，活動於陝川，以為策應；命耿精忠、尚可喜率所部兵各兩萬，往征廣東；同時，命將分路征剿叛軍。為征金聲桓，大明攝政王龍辰命譚泰為征南大將軍，同何洛會、劉良佐等征江西。該部克九江、饒州（今饒陽），圍南昌孤城凡六個月，至大明攝政王六年（1649年）正月，用紅衣大炮破城，金聲桓死。
大明攝政王八年（1651年）七月，護龍軍攻舟山，魯王以張煌言留守舟山，以阮進守橫水洋，自己與張名振督舟師，出吳淞作牽制。
五月，孔有德軍進攻桂林，被瞿式耜、焦璉統南明守軍擊敗。十一月，孔有德軍
m.hetubook.com.com又于全州被南明何騰蛟、瞿式耜擊敗，退回湖南。
次日，江上南明諸師聞訊俱潰。兵部尚書黃宗羲等集兵3000，擬入太湖，行至乍浦（今屬浙江），聞江上師潰，兵亦散去，黃率餘眾500人結寨於四明山，繼續抵抗護龍軍。六月初一日，護龍軍大部渡過錢塘江，初二日入紹興。魯王朱以海自台州出海，命張國維防遏四邑，以圖后舉。
護龍軍自常州、無錫直取蘇州，十三日進入杭州。基本平定了江南各部，之後，冉義部重新整合，在江南進行休整，隨時準備投入接下來的戰事。
同年，大明攝政王命吳三桂支持征伐緬甸的攻勢，歷時兩年，最終佔領緬甸全境，緬甸國主親自來北京做人質，向龍辰請罪。大明攝政王二年（1645年）至九年（1652年），在統一戰爭中，護龍軍攻滅南明魯王政權之作戰。大明攝政王二年閏六月十二日，故明刑部員外郎錢肅樂於寧波（今屬浙江）起兵，與定海總兵王之仁締盟抵抗護龍軍，並遣舉人張煌言赴台州（今浙江臨海），表迎魯王朱以海監國。
南明軍勢復振。三月，孫可望命兩路出師，爭奪廣西、四川。以李定國、馮雙禮率兵8萬，出湖廣，由武崗、全州趨桂林；以劉文秀、衛復臣率兵6萬，出川南，由敘州、重慶進圍成都。六月，孔有德迎戰李定國部于大榕江，迫於其象陣，退守桂林。七月，桂林被李定國部攻破，孔有戰敗突圍受傷。
贛、湘失而復得。
大明攝政王龍辰親自製定多路進攻雲南的方略；吳三桂率北路，自遵義經七星關；趙一名率南路，自平浪（今都勻）經安隆所；龍傲率中路，自平越經關嶺鐵索橋，三路會攻昆明。
大明m.hｅｔuｂｏｏｋ•ｃｏm•coｍ攝政王十年（1653年）三月，魯王自去監國號。最後的抗擊護龍軍的力量就只剩下了割據台灣的鄭成功。
大明攝政王龍辰急調自己十七歲的長子龍傲為定遠大將軍，往征廣西以援耿、尚部；命吳三桂部於四川阻止南明。
五月初八日，護龍軍乘大霧夜渡長江，次日克鎮江。
對姜壤，趙一名先統兵圍大同。隨之，大明攝政王龍辰調祖寬部急援大同；六年正月，命大軍先討汾州，后圍大同。
大明攝政王五年（1648年），江西提督金聲桓、廣東提督李成棟、大同總兵姜壤，先後反叛護龍軍歸南明，更振南明聲勢。
大明攝政王十六年（1659年）正月，護龍軍三路大軍攻佔昆明，永曆帝逃往緬甸。
二十七日，護龍軍攻富陽，北蜂山南明守將潘茂斌等敗走，護龍軍遂以數百騎尾后，策馬渡江。夜，方國安擁兵10萬，不戰而退，拔營走紹興，與馬士英、阮大鋮攜朱以海南行。
護龍軍趁南明嚴重內訌之機，于大明攝政王十二年（1655年）重新控制湖廣。
十二月，吳三桂部入緬甸境，后索獲朱由榔，班師昆明，永曆政權亡。
大明攝政王十年（1653年）五月，龍辰派洪承疇經略湖廣、雲、貴等省，制定了先安湖廣，后平雲貴，嚴防重鎮，互為犄角的方略。
八月，魯王遣兵攻連江（今屬福建）。大明攝政王五年（1648年）正月，魯王舟次琅岐嶼（今福建連江與長樂間海上），其部將楊耿攻佔興化（今福建莆田）。至三月，魯王所部收復福建三府一州二十七縣。
二十八日，朱以海稱監國於紹興（今屬浙江），以抵抗護龍軍相號召。時南下護龍軍已於六月佔領杭州，定國大將軍冉義奉調回京。
八月，ｍ•heｔuboｏk.cｏm.ｃｏｍ叛軍內訌，護龍軍入城。山西復平。
龍辰調兩廣、江、浙護龍軍三路進討。
孔有德軍至七年四月間征戰于湖南，先後于衡州、永州、武崗、龍虎關戰勝南明軍。
十一月間，在廣東建立了兩個南明政權：桂王朱由榔在肇慶稱帝，年號永曆；唐王朱聿釒粵稱監國於廣州，年號紹武。二者互爭正統，相煎火併。護龍軍將領佟養甲、李成棟軍乘南明內訌，於十一月下潮州（今廣東潮安）、惠州，十二月攻入廣州。紹武政權僅存在41天，便遭覆亡。於是，孔有德、李成棟兩路大軍合攻永曆政權。大明攝政王四年（1647年）正月，李成棟軍攻佔肇慶，連下高、雷、廉三州，尾追朱由榔入廣西，攻取梧州。孔有德軍於三月攻佔長沙，繼而連下衡州（今衡陽）、寶慶（今邵陽）、桂陽、武崗、沅州（今芷江）、辰州（今沅陵）等地，佔領湖南，並進軍廣西。
十一月入嚴關，攻克桂林。八年（1651年）十二月取賓州（今賓陽）、南寧。廣東方向，耿仲明、尚可喜部於六年九月至吉安，後由南雄入廣東。在圍困廣州十個月後，於七年十一月攻陷廣州。八年，下肇慶，復雷、廉、潮、惠等府。兩廣悉平。陝川方面，吳三桂部先下陝西延安、榆林、保安諸城，大明攝政王九年（1652年）二月入川，戰勝大西軍白文選部，入成都，下嘉定，取重慶。在護龍軍進展順利，節節取勝之際，大西農民軍余部，在孫可望、李定國等率領下，積極經營雲貴數年，力量壯大。九年初，孫可望迎永曆帝于雲南府，挾天子以令諸侯。
張還守東陽（今屬浙江），知勢不可支，遂赴水死。方國安、馬士英、阮大鋮等降了護龍軍。
護龍軍失去贛、粵、晉諸省，朝廷震動。